Viena svarbiausių muzikologų sekcijos veiklos sričių yra tarptautinių ir nacionalinių muzikologų konferencijų organizavimas. Bendradarbiaudama su daugelio Europos šalių - Latvijos, Estijos, Lenkijos, Vokietijos, Rusijos, Slovakijos, Slovėnijos, Suomijos ir kt. - muzikologų bendruomenėmis ir muzikinėmis institucijomis bei Tarptautine muzikologų draugija (IMS), ji plėtoja tęstines muzikinių kultūrų tyrinėjimo programas. Daugelis jų tapo unikaliomis kelerius dešimtmečius puoselėjamomis muzikologų bendradarbiavimo tradicijomis.
Nuo 1967 m. kartu su latvių ir estų muzikologais rengiamos Baltijos muzikologų konferencijos. Pratęsdamos tarpukario metų Baltijos muzikų bendravimo tradicijas, šios konferencijos ženkliai prisidėjo plėtojant trijų kraštų muzikologų bendruomenių bendradarbiavimą ir kultūrinį dialogą. Jau daugiau nei keturiasdešimt metų organizuojamos Rygoje, Vilniuje ar Taline bei kituose Baltijos šalių miestuose, jos praturtino nacionalines muzikos kultūras ir susilaukė tarptautinio pripažinimo. Tuo pat metu šios konferencijos stiprino kultūrinio nonkonformizmo tendencijas politinės ir ideologinės priespaudos metais. Atkurtos Nepriklausomybės metais Baltijos muzikologų konferencijos tapo tarptautinės reikšmės forumais, atvirais visų muzikos mokslo disciplinų bei įvairiausių muzikos kultūrų specialistams. Svarbi Baltijos muzikologų konferencijų dalis - informaciniai pranešimai apie muzikines naujienas ir koncertinės programos, kuriose pristatoma lietuvių, latvių ir estų muzikinė klasika bei naujausia kūryba.
2007 m. Vilniuje vyko jubiliejinė 40-oji Baltijos muzikologų konferencija „Muzika ir genius loci: poetika ir politika", kurioje dalyvavo 14 Europos valstybių ir Izraelio muzikologai. Renginyje dalyvavęs Tarptautinės muzikologų draugijos prezidentas Tilmanas Seebassas pažymėjo vienos seniausių pasaulyje muzikologų bendradarbiavimo tradicijų unikalumą ir svarbą pasaulinei muzikologijos plėtrai.
42-oji Baltijos muzikologų konferencija „Muzika ir tapatumai: Baltijos jūros regionas XXI amžiuje" vyks Rygoje 2010 m. spalio 28-29 dienomis.
Kelerius dešimtmečius trunkančio kultūrinio bendradarbiavimo rezultatas yra ir tradicinės lietuvių ir lenkų muzikologų konferencijos, nuo 1989 m. rengiamos kartu su Krokuvos muzikos akademija Vilniuje, Krokuvoje ir kituose Lietuvos bei Lenkijos miestuose.
Lietuvių ir lenkų muzikiniai ryšiai turi turtingą istoriją. Paradoksaliu būdu itin vaisingos bendradarbiavimo iniciatyvos mezgėsi vienu sudėtingiausių Lietuvai ir Lenkijai istorijos laikotarpiu - sovietiniais metais. Tai buvo nonkonformistiškai orientuotų muzikų terpių dialogas, pasitarnavęs abiejų šalių muzikinių kultūrų plėtrai ir prestižui.
Iš šios partnerystės ir pasipriešinimo primestam politiniam bei kultūriniam režimui dvasios radosi lietuvių ir lenkų konferencijos - simptomiška, kad pirmoji konferencija įvyko ženklių politinių permainų metais. Visų šių aplinkybių dėka konferencijų formatas ir atmosfera pranoksta tradicinio akademinio renginio rėmus. Renkantis konferencijų temas, stengiamasi aptikti probleminius rakursus, kurie leidžia diagnozuoti dabarties kultūros būklę ir užgriebti jos raidos tendencijas; ta pat kritinė prieitis taikoma ir tradicijos permąstymui. Į šiuolaikinės muzikos naujoves gilinamasi ne vien teoriškai: į lietuvių ir lenkų muzikologų konferencijų programą įtraukiami kompozitorių konversatoriumai, platesni kompozitorių kūrybos pristatymai. Jas tradiciškai praturtinančiuose koncertuose buvo atlikti ir lenkų iniciatyva užsakyti nauji lietuvių kompozitorių Osvaldo Balakausko, Felikso Bajoro, Onutės Narbutaitės, Mindaugo Urbaičio kūriniai.
11-oji lietuvių ir lenkų muzikologų konferencija „Frederyko Chopino recepcija šiuolaikinėje Lietuvos ir Lenkijos kultūroje" vyko Vilniuje 2010 m. birželio 4-6 dienomis.
Atkurtos Nepriklausomybės metais sustiprėjo muzikologų sekcijos ryšiai su Vokietijos muzikologijos institucijomis. Intensyviausiai bendradarbiaujama su muzikologijos institutais, kurių tyrinėjimų sritis - Vokietijos ir Vidurio bei Rytų Europos šalių muzikiniai ryšiai. Baltijos šalių muzikinių kultūrų raidai ryšiai su Vokietija turėjo ir tebeturi ypatingą reikšmę, todėl šių šalių muzikinių mainų tema buvo analizuojama įvairių metų Baltijos muzikologų konferencijose ir kituose renginiuose. 2001 m. Vilniuje organizuota šiai temai pašvęsta 35-oji Baltijos muzikologų konferencija „Vokietijos ir Baltijos šalių muzikiniai ryšiai: praeitis-dabartis-ateitis", bendradarbiaujant su Vokiečių muzikos kultūros Rytų Europoje institutu (IME, Bonos universitetas).
2008 m. Vokietijoje ypatingas dėmesys buvo skiriamas bendriems projektams su Baltijos kraštais - taip ši valstybė pažymėjo savo indėlį į istorinius procesus, 1918 m. Baltijo valstybėms atkuriant suverenumą. Šiame kontekste ypatingą reikšmę turėjo LKS muzikologų sekcijos ir Leipcigo universiteto surengtas Lietuvos muzikos kultūrai skirtas forumas Leipcige, vykęs 2008 m. gegužės mėn. Renginio centre buvo tarptautinė muzikologų konferencija „Lietuvių muzika. Nacionalinės muzikos tradicijos idėja ir istorija europietiškame kontekste", kurios metu virš 20 lietuvių ir užsienio kraštų muzikologų išsamiai aptarė Lietuvos muzikos kultūros raidą ir dabartį. Forumo metu vyko prof. Vytauto Landsbergio paskaita ir koncertas, du lietuvių muzikų (Sonata ir Rokas Zubovai, Jūratė Landsbergytė) koncertai, specialus MDR kamerinio orkestro koncertas, skirtas lietuvių muzikai. Taip pat Leipcigo aukštojoje muzikos mokykloje surengtas susitikimas su lietuvių kompozitoriais Vytautas Barkausku ir Raminta Šerkšnyte, pristatyta šiuolaikinė lietuvių kompozitorių kūryba.
Svarbus LKS muzikologų sekcijos narių veiklos baras - Lietuvos muzikinės klasikos aktualizavimas. Muzikologai reikšmingai prisideda prie jubiliejinių programų rengimo (koncertai, leidyba, konferencijos). Muzikinei klasikai skirti renginiai įtraukiami ir į tęstinių konferencijų programas.
38-osios Baltijos muzikologų konferencijoje (Vilnius, 2004) speciali sesija buvo skirta lietuvių kompozitoriaus ir muzikos kritiko Vlado Jakubėno kūrybai ir veiklai.
2005 m. LKS muzikologų sekcija surengė tarptautinę muzikologų konferenciją „Vytautas Bacevičius (1905-1970) ir jo amžininkai: tarptautiniai pirmojo Lietuvos muzikos avangardo ryšiai ir kontekstai". Ji buvo jubiliejinės Vytauto Bacevičiaus gimimo šimtmečio paminėjimo programos dalis, papildžiusi jo kūrybos retrospektyvą - tais pat metais surengtą Vytauto Bacevičiaus festivalį, išleistas reprezentatyvias jo muzikos publikacijas (partitūros, kompaktinės plokštelės). Tarptautinėje muzikologų konferencijoje pirmą kartą siekta įvertinti tarptautinius lietuvių kompozitoriaus ryšius ir jo veiklos bei kūrybos kontekstus kaip platesnės Rytų ir Centrinės Europos XX a. muzikos istorijos dalį ir tipišką atvejį. Joje dalyvavo Lietuvos, Lenkijos, Rusijos, Čekijos, Prancūzijos, Vokietijos muzikologai, nagrinėję modernių Vytauto Bacevičiaus muzikos idėjų ištakas ir paraleles; kompozitoriaus ryšius su Paryžiaus mokykla ir tarpukario Prancūzijos šiuolaikinės muzikos scena; Rytų ir Centrinės Europos XX a. vidurio muzikos kūrėjų prancūziškuosius kontekstus; šio regiono muzikinę emigraciją JAV.
40-osios Baltijos muzikologų konferencijos programą papildė kamerinės muzikos koncertas Lietuvos muzikos klasikų - tarpukario lietuvių muzikos avangardo atstovo, tautinės ketvirtonių muzikos pradininko Jeronimo Kačinsko (1907-2005) ir lietuvių modernizmo atstovo kompozitoriaus Jono Nabažo (1907-2002) - jubiliejams pažymėti. Konferencijos metu surengta speciali sesija, skirta žymiam muzikologui bei politikui, Baltijos muzikologų bendradarbiavimo puoselėtojui, šiuo metu - Europos parlamento nariui Vytautui Landsbergiui.
Muzikologų sekcija talkina įvairioms Lietuvos muzikinėms institucijoms, rengiant muzikologijos ir muzikos kritikos konferencijas ir seminarus. Šioje srityje ji bendradarbiauja su Lietuvos muzikos ir teatro akademija, Lietuvos muzikos informacijos ir leidybos centru, ISCM Lietuvos sekcija, Lietuvos nacionaliniu operos ir baleto teatru, Klaipėdos universiteto muzikologijos institutu, Lietuvos dailės istorikų draugija ir kitomis organizacijomis. Pastaraisiais metais ji talkino organizuojant 10 tarptautinį muzikos signifikacijos kongresą (Vilnius, 2008), rengiant tarptautinius operos kritikos seminarus (Vilnius, 2006-2007).
